Nach wie vor bestehen ungeklärte Konflikte und Probleme im Verhältnis der Helmholtz-Zentren mit den universitären Partnern bzw. den Universitätskliniken. Damit ist das zentrale Anliegen, die translationale Erforschung der großen Volkskrank­heiten zu stärken, gefährdet. Die translationale Forschung kann nur in enger und fairer Kooperation mit der klinischen Praxis funktionieren. Deshalb kommt insbesondere den Universitätskliniken eine Schlüsselrolle bei der schnelleren Überführung medizinischer Forschungsergebnisse in die klinische Praxis zu.

Die Kritik der Arbeitsgemeinschaft Hochschulmedizin, aber auch der Ad-hoc-Arbeitsgruppe "Gesundheitsforschung" der GWK und der Finanzministerkonferenz zeigen, dass es bisher noch nicht gelungen ist, die Kooperation mit den universitären Partnern auf eine faire Grundlage zu stellen. Die "Helmholtzifizierung" der Forschungslandschaft stößt bei den universitären Partnern zu Recht auf Skepsis. Die Arbeitsgemeinschaft Hochschulmedizin warnte kürzlich vor der "Implementierung einseitiger zentralhierarchischer Strukturen im Sinne einer 'Top-Down-Steuerung'".

Auch die Bundesländer wollen die Frage, ob es zu einer Zusammenarbeit zu fairen Bedingungen kommt, nicht länger bilateralen Einzelverhandlungen des Bundes überlassen. Offensichtlich stößt Bundesforschungsministerin Schavan zunehmend auf Widerstand mit ihrer Methode, Forschungsförderung nach Gutsherrinnenart zu betreiben, wie dies z.B. bereits bei der Verschiebung des Kieler IFM-GEOMAR-Instituts der Fall war.

Es ist ein großes Problem, so viel Geld auf Dauer in eine Struktur zu geben, die nach wie vor bei den wichtigsten Partnern umstritten und bislang noch so wenig erprobt ist. Wir fordern, dass vorher offene Strukturfragen gelöst und eine Verständigung mit den universitären Partnern und den Bundesländern erfolgt. Dringend notwendig ist auch eine frühzeitige Evaluation nicht nur der Ergebnisse, sondern auch der Folgen und Risiken dieser neuen Top-Down-Strukturen.